Les auditrices et les auditeurs de Flocert vivent dans les différents pays et régions où se trouvent les partenaires contractuels. Ils connaissent bien la situation de chaque région, le cadre légal et les spécificités culturelles, et ils parlent les langues locales. De cette façon, ils sont en mesure de bien évaluer la situation sur place et savent ce à quoi ils doivent particulièrement prêter attention.

Afin de garantir la qualité et l'uniformité des procédures de certification, tous les auditeurs et auditrices sont tenus de participer à des formations portant sur les techniques d'entretien. Bien sûr, ils reçoivent aussi régulièrement une formation approfondie sur les standards Fairtrade et sur la manière dont ils peuvent en contrôler le respect.

Le temps demandé par les contrôles – et donc les coûts qui y sont liés – varie énormément selon la taille de la coopérative ou de la plantation, la structure de l'organisation et le nombre de produits à certifier. En règle générale, l'audit complet d'une organisation de producteurs dure plusieurs jours.

Après l'inspection sur place, l'auditeur envoie son rapport à Flocert. Chez Flocert, l'analyste compétent évalue ce rapport, examine les écarts qui ont éventuellement été observés par rapport aux standards et exige des mesures correctives. Si aucun écart critique n'a été constaté, l'organisation de producteurs se voit remettre une autorisation commerciale provisoire. Ce n'est que quand tous les écarts ont été corrigés que Flocert peut donner son accord à la certification et délivrer un certificat Fairtrade.

Après la première certification, les organisations de producteurs sont contrôlées au moins deux fois par cycle de trois ans. En plus de ces audits périodiques dits de surveillance, Flocert procède régulièrement à des audits inopinés.